1. 先确定报告对象
| 报告范围 | 包含什么 | 适合先看什么 |
|---|---|---|
| 样本报告 | 所选样本的分群统计和图 | 单个样本的门控策略及测量结果。 |
| 组内报告 | 当前分组内的样本，可选择整组总图和汇总 | 同组样本是否一致，有哪些个体差异。 |
| 组间报告 | 所选分组的汇总，可同时纳入独立样本详情 | 比较不同分组，同时保留汇总背后的样本结果。 |
分组并不自动意味着样本相互独立。同一供者的多个管可能是技术重复或重复测量。合并事件绘制的总图用于查看分布，不能把其中每个事件当作一个独立生物学重复。
2. 选择图表和统计设置
在报告构建器中选择快捷或高级设置。高级模式允许自由新增、删除和调整图表顺序，并分别指定分群、指标和标题。可以保存为当前浏览器中的个人默认设置，不受固定模板限制。
- 指标可选占母群比例（%Parent）、占总事件比例（%Total）、事件数、平均荧光强度或荧光强度中位数；强度统计须指定通道。
- 样本散点图保留个体读数；还可选择箱线图、小提琴图、均值与误差线、配对连线图、趋势图和热图。具体呈现取决于数据是否满足要求。
- 配对分析须指定实验单位编号，不会按文件排列顺序配对。
- 误差线要说明是标准差、标准误还是置信区间，三者含义不同。
默认仅做描述性统计。可选检验包括 Welch t 检验、配对 t 检验、Mann-Whitney U 检验、Wilcoxon 配对符号秩检验、单因素方差分析、Kruskal-Wallis 检验与 Friedman 检验。选择方法不等于其假设已经得到验证；实验单位、配对或样本量不满足要求时，部分结果不会计算。
当前版本不提供多因素模型、混合效应模型或总体检验后的事后比较。趋势线连接观测汇总值，不是拟合模型。选择前可先查看分群统计说明。
3. 调整排版、标注并导出
用数字输入每行图片数，默认每行两图；预览时仍可修改。可在同一图表章节内调整图片顺序，以及单张图占用的列数。窄屏会自动改为单列。
预览编辑器可修改文字、新增章节，也可在图上添加高亮框、椭圆、箭头和文字。报告标注不会改变门控、测量值或统计计算。
| 格式 | 导出后如何修改 |
|---|---|
| HTML | 文件自带离线编辑器，可修改排版、文字和标注，再另存更新后的 HTML。 |
| 保留最终排版和标注的静态页面。需要修改时，回到 HTML 或报告源，再重新导出 PDF。 | |
| PowerPoint | 在演示软件中核对和整理幻灯片；图上标注已合成进图片。 |
图片重排限于同一章节，还不是整页任意摆放的自由画布。保存 HTML 由浏览器另存或下载更新文件，不会静默覆盖原文件。
4. 跟着合成示例走一遍
先查看可编辑报告示例（英文），也可以打开同一套内置示例数据，自己生成中文版报告。
- 打开 Demo cohort 1.fcs、Demo cohort 2.fcs、Demo cohort 3.fcs 三份文件。
- 将文件 1 放入 Control 分组，将文件 2、3 放入 Treated 分组。这里的分组名只是演示标签。
- 在 FSC-A / SSC-A 上绘制下表中的示例细胞矩形门，再在其下绘制示例 CD3+ 矩形门，将层级应用到两个分组。
- 选择组间报告和高级设置，保持“仅描述性统计”，加入样本散点图、均值与标准差图、热图，再生成报告。
- 在导出的示例中调整每行图片数、给图添加标注、保存 HTML，再重新打开核对。
| 门 / 母群 | X 通道与原始坐标范围 | Y 通道与原始坐标范围 |
|---|---|---|
| 示例细胞群 / 所有事件 | FSC-A：35,000 至 150,000 | SSC-A：8,000 至 90,000 |
| 示例 CD3+ / 示例细胞群 | CD3 FITC：12,000 至 262,144 | SSC-A：8,000 至 262,144 |
三份文件都是软件演示用合成数据。分组大小为 n=1 和 n=2，不报告 p 值，也不能据此推断生物学响应。示例坐标不是实验门控标准。
5. 导出后再核对一次
- 核对样本身份、分组成员、母群定义及百分比分母。
- 记录补偿、数据变换与 QC 状态，包括尚未执行 QC 的情况。
- 核对实验单位、有效样本数、缺失数据和统计限制。
- 打开导出文件检查图、标签与表格，不只看预览。
完成的报告和个人默认设置保存在当前浏览器，不等于云端备份。生成时可切换其他界面并在后台继续；关闭或刷新网页可能中断未完成任务。可选 AI 总结需要配置服务，并由研究者核对内容。